En el año 1778 el vicario capitular Andujar y el virrey Cevallos autorizaron la primera capilla para los vecinos del partido. La primitiva iglesia se erigió en el arrabal sur, pero más tarde fue destinada a cementerio. Pocos años después, cuando Tomás de Rocamora fundó la Villa de Concepcion del Uruguay y dispuso la repartición de tierras, destinó una manzana para que en ella se levantara la iglesia. Sin embargo, fue necesario que transcurriera casi un siglo hasta que se inició la construcción del edificio actual, comenzado en 1856.

¿Quién, si no Urquiza, podía haber puesto en marcha ese proyecto? El 16 de febrero de ese año firmó contrato con el constructor Pedro Fossati, para que se hiciera cargo de la obra, quien se comprometió a construirla en el término de dieciocho meses y pidió por su trabajo ciento cincuenta y seis mil pesos fuertes.

Fossati cumplió con lo estipulado. La iglesia se inauguró solemnemente el 25 de marzo de 1859, con la asistencia del presidente de la Confederación Argentina, general Justo José de Urquiza.

Construida en estilo neorrenacentista, recuerda la Basílica de San Pedro en Roma. La parte central del frente tiene seis columnas y el tímpano está separado de ellas por molduras. Las paredes son de ladrillo y en el piso interior se emplearon baldosas acanaladas; las puertas y ventanas fueron hechas de cedro del Paraguay.

Para la ornamentación de las cornisas y columnas, de estilo corintio, el arquitecto Fossati contrató hábiles artistas que contribuyeron a realzar la belleza del edificio. El piso del atrio, así como sus escalones y los del presbiterio, fueron hechos de mármol de Carrara.

En el contrato firmado antes de iniciarse la construcción había una cláusula que estipulaba que una vez concluida, se designarían personas entendidas en arte para que la inspeccionaran. En otra se le concedía gratuitamente al empresario constructor toda la piedra sobrante, debido a que había prometido construir un aljibe en un lugar conveniente, para beneficio de la iglesia.

En el ala izquierda, junto al altar mayor, se encuentra el Mausoleo con el féretro que guarda los restos del general Urquiza.

Entre otras reliquias que atesora, se encuentran imágenes como la Purísima -talla de fin de siglo-, San Sebastián, Santa Rita de Casia -una talla en madera negra hecha por los jesuitas- y Jesucristo Crucificado.

Fue declarada Monumento Histórico Nacional por Decreto Nº 112.765 del 4 de febrero de 1942.