La ciudad de Concepcion del Uruguay, cabecera del Departamento Uruguay, está ubicada al este del mismo, recostada sobre los arroyos Molino e Itapé, afluentes del Río Uruguay, a los 32°29'04" de latitud sur y a los 58°l4'13" de longitud oeste.

El radio municipal o ejido, ampliado por Ley 5149 del 25 de Julio de 1972, limita al norte por la coordenada 14 del paralelo 32°24' sud del ecuador, desde el Río Uruguay al arroyo Molino y por el cauce de este arroyo hasta la coordenada 72°58' oeste de Greenwich; al oeste, por la mencionada coordenada desde el arroyo Molino, al norte, hasta el arroyo El Tala por el sur, y al sur, por el arroyo El Tala hasta su desembocadura.

La planta urbana de la ciudad, fué delimitada por La Ordenanza N° 1842 del 5 de noviembre de 1958, que dispuso como límites de la misma, al norte: Arroyo Curro, al sur arroyo de la China, al este arroyo Molino y riacho Itapé y al oeste: calle 35 del oeste.

Los abundantes cursos hidrográficos que se originan en el relieve de lomadas entrerrianas, sirven de límite natural en su mayor parte al Departamento Uruguay. Así por ejemplo, en el norte, lo separan del departamento Colón, los arroyos Santa Rosa, Pantanoso, El Cordobés y el arroyo Urquiza; al oeste lo separa del departamento Tala, el río Gualeguay; y al sur lo separan del departamento Gualeguaychú, el arroyo Pancho, afluente del río Gualeguay, el arroyo Genacito y el Gená, ambos afluentes del río Gualeguaychú, y finalmente el río Gualeguaychú.

Es de hacer notar que hasta el año 1979, el límite sur del departamento Uruguay, desde su creación, llegaba hasta el río Gualeguaychú en su desembocadura en el río Uruguay, lo que creaba administrativamente múltiples problemas a algunos grupos humanos radicados en las proximidades de la ciudad de Gualeguaychú. Ante tal circunstancia se establecieron nuevos límites geodésicos en la zona.

El límite este del departamento, está dado por el curso del río Uruguay, desde la desembocadura del arroyo Urquiza al norte, hasta el canal San Lorenzo, frente a la isla de nombre homónimo en el extremo sur