La fauna que en épocas pasadas caracterizó a la región, sin duda ha ido sufriendo los efectos destructivos que impone la explotación agrícola ganadera, la mayor necesidad de talar las áreas forestales para disponer de tierras arables, y la propia acción depredadora del hombre. En ese sentido la fauna natural ha disminuido considerablemente en cantidad y variedades, manteniéndose aún en las islas del Río Uruguay y en las pocas áreas de montes que aún subsisten.

Aparecen en ellos, el Carpincho, las Nutrias, Gato Montés, Ratas de Bañados, Lobitos de río, y en los montes más altos, el Guasuncho, Aperiá, Mulitas, Zorros, Zorrinos, Comadrejas, Tucu-Tucu, Liebres, Vizcachas, etc.

Entre los reptiles es factible contemplar lagartos, lagartijas, iguanas y variedad de víboras, algunas venenosas como la abundante Yarará y otras no venenosas como las culebras, lampalaguas, etc.

Las aves felizmente siguen conformando un rubro importante en la zoogeografía del departamento, desde las canoras hasta las que sin duda se constituyen en plagas depredadoras como los loros y las palomas. Entre las primeras citamos a los Zorzales, Calandrias, Mixtos, Boyeros, Cardenales y variedad de aves de rico colorido en su plumaje como el Colibrí, Martín Pescador, Churrinches, Patos, Gallinetas, Garzas, Chajá, Teros, Chingolos, Gorriones, etc.

Un párrafo aparte merecen las especies cuya caza está permitida, con lo que su exterminio está en vías de consumarse, me refiero a la Perdiz y la Perdiz Martineta, que cada vez existen en menor número en el departamento, por obra de la destructora acción del hombre.

La fauna ictiocola del Río Uruguay y los cursos hidrográficos menores, también es variada y rica aunque igualmente se aprecia una marcada disminución en la misma en la que innegablemente jugaron papeles importantes como las pesquerías industriales que se instalaron al sur de la desembocadura del Río Gualeguaychú con una explotación incontrolada.